A cerca de uma semana atrás treinador João Paulo anunciou em entrevista, após a partida de ida das semifinais do campeonato Amador Júnior, que deixaria o Vila Nova. Desde agosto 2007, João Paulo está trabalhando no Vila Nova, já são 8 anos, nas categorias de base e três temporadas comando o time do Amadorão, João Paulo deu um tempo e prestou seus serviços ao Dínamo em 2013.

Na equipe Amadora, foi vice-campeão em 2011, na decisão que parou nos tribunais e foi decidida em favor do Olimpique da Tapira. Em 2015, fez a melhor campanha da primeira fase, ficou fora das finais ao ser batido pelo GREI no estádio Fausto Alvim. Na temporada do Amadorão de 2016, o Vila Nova sob o comando de João Paulo, fez a segunda melhor campanha da primeira fase, mesmo não contando com na maioria dos jogos com os contratados de peso, o time acabou eliminado pelo GREI na segunda fase.

João Paulo trabalhou nas categorias de base do Vila Nova, nas escolinhas do clube, com Williams Batista, teve também passagem pela escolinha do Flamengo e Chute Inicial Corinthians.

Na temporada 2016, comandou a equipe do Vila Nova no Amadorão, Junior e Infantil.

João Paulo confidenciou que a diretoria do Clube vai passar por reformulações, com o ex-presidente e atual vice, José Humberto, manifestando o desejo de deixar a equipe na próxima temporada. Segundo José Homerio, atual presidente ele não tem conhecimento de mudanças significativas na diretoria para a próxima temporada.

João Paulo espera acertar com uma nova equipe onde possa iniciar um novo trabalho em 2017.